Juridisk Fakultet

- Juridiska institutionen
- Institutet för fastighetsrättslig forskning (IFF)

Historisk-Filosofisk Fakultet

- Institutionen för ABM
- Institutionen för arkeologi och antik historia
- Filosofiska institutionen
- Historiska institutionen
- Institutionen för idé- och lärdomshistoria
- Konstvetenskapliga institutionen
- Institutionen för kulturantropologi och etnologi
- Litteraturvetenskapliga institutionen
- Institutionen för musikvetenskap
- Centrum för multietnisk forskning
- Programmet för studier kring Förintelsen och folkmord
- Centrum för genusvetenskap
- SALT

Språkvetenskaplig Fakultet

- Engelska institutionen
- Institutionen för lingvistik och filologi
- Institutionen för moderna språk
- Institutionen för nordiska språk
- Centrum för multietnisk forskning
- SALT 

Teologisk Fakultet

- Teologiska institutionen
- Svenska institutet för Missionsforskning
- Centrum för studier av religion och samhälle (CRS)
- SALT

Samhällsvetenskaplig Fakultet

- Institutet för bostads- och urbanforskning (IBF)
- Ekonomisk-historiska institutionen
- Institutionen för euroasiatiska studier
- Institutionen för freds- och konfliktforskning
- Företagsekonomiska institutionen
- Institutionen för handelsrätt
- Institutionen för informatik och media
- Institutionen för kostvetenskap
- Kulturgeografiska institutionen
- Nationalekonomiska institutionen
- Pedagogiska institutionen
- Institutionen för psykologi
- Sociologiska institutionen
- Statistiska institutionen
- Statsvetenskapliga institutionen  

Utbildningsvetenskaplig Fakultet

- Institutionen för didaktik
- Institutionen för utbildning, kultur och medier
- Fortbildningsavdelningen för skolans internationalisering
- Regionalt pedagogiskt kunskapscentrum
- Avdelningen för rektorsutbildning
- Övriga institutioner som medverkar i lärarutbildning

Teknisk-naturvetenskaplig Fakultet

- Institutionen för informationsteknologi
- Matematiska institutionen
- Institutionen för fysik och astronomi
- Institutionen för fysik och materialvetenskap
- Institutionen för teknikvetenskaper
- Institutionen för materialkemi
- Institutionen för fotokemi och molekylärvetenskap
- Institutionen för fysikalisk och analytisk kemi
- Institutionen för biokemi och organisk kemi
- Institutionen för biologisk grundutbildning
- Institutionen för cell- och molekylärbiologi
- Institutionen för ekologi och evolution
- Institutionen för evolution, genomik och systematik
- Institutionen för fysiologi och utvecklingsbiologi
- Institutionen för geovetenskaper
- International Science Programme (ISP)
- Neutronforskningslaboratoriet i Studsvik
- Tandemlaboratoriet
- Uppsala centrum för hållbar utveckling, CSD Uppsala 

Medicinsk Fakultet

- Institutionen för folkhälso- och vårdvetenskap
- Institutionen för genetik och patologi
- Institutionen för kirurgiska vetenskaper
- Institutionen för kvinnors och barns hälsa
- Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
- Institutionen för medicinsk cellbiologi
- Institutionen för medicinska vetenskaper
- Institutionen för neurovetenskap
- Institutionen för onkologi, radiologi och klinisk immunologi
- Rudbecklaboratoriet
- Beijerlaboratoriet för genomforskning